Hasta hoy pensaba que la página maestra (MasterPage) de un .aspx era una propiedad que se definía en tiempo de diseño, concretamente en las directivas de página, y no era posible modificarlo de forma programática al encontrarse la declaración a un nivel tan bajo:

<%@ Page Language="C#" MasterPageFile="~/Site1.Master" 
    AutoEventWireup="true" CodeBehind="WebForm1.aspx.cs"
    Inherits="PruebasVariadas.WebForm1"
    Title="Página sin título" %>

 
Nada más lejos de la realidad. Aunque con algunas restricciones, es perfectamente posible alterar en tiempo de ejecución la MasterPage de la página, haciendo posible cosas como, por ejemplo, modificar completamente la apariencia y disposición de los elementos sobre la marcha.

Por ejemplo, el siguiente código hace que una página .aspx utilice una maestra u otra en función de si la hora actual del servidor es par:

// C#:
protected override void OnPreInit(EventArgs e)
{
  if (DateTime.Now.Hour % 2 == 0)
    this.MasterPageFile = "~/Maestra1.master";
  else
    this.MasterPageFile = "~/Maestra2.master";

  base.OnPreInit(e);
}


' VB.NET:
Protected Overrides Sub OnPreInit(ByVal e As System.EventArgs)
  If DateTime.Now.Second Mod 2 = 0 Then
    Me.MasterPageFile = "~/Maestra1.master"
  Else
    Me.MasterPageFile = "~/Maestra2.master"
  End If
  MyBase.OnPreInit(e)
End Sub

 
Las restricciones a las que me refería antes están plasmadas en esta porción de código: sólo puede cambiarse en el evento PreInit o antes. A efectos prácticos, sobreescribir OnPreInit (como en el ejemplo anterior) es una buena solución.